Sở Tài chính TP Cần Thơ tiền thân là Ty Tài chính tỉnh Hậu Giang, được thành lập từ tháng 02 năm 1976.

Tháng 9 năm 1976, đổi tên thành Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang.

Tháng 3 năm 1988, UBND tỉnh Hậu Giang có chủ trương sáp nhập Ủy ban Vật giá tỉnh Hậu Giang vào Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang thành Sở Tài chính - Vật giá tỉnh Hậu Giang.

Tháng 9 năm 1992, tỉnh Hậu Giang tách thành tỉnh Cần Thơ và tỉnh Sóc Trăng, Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang cũng được tách thành Sở Tài chính - Vật giá tỉnh Cần Thơ và Sở Tài chính - Vật giá tỉnh Sóc Trăng.

Năm 2003, Sở Tài chính – Vật giá đổi tên thành Sở Tài chính theo Quyết định số 65/2003/QĐ-UB ngày 30 tháng 10 năm 2003 của Ủy ban nhân dân tỉnh Cần Thơ.

Đầu năm 2004, thực hiện Nghị quyết của Trung ương về điều chỉnh địa giới hành chính, tỉnh Cần Thơ được chia tách thành thành phố Cần Thơ trực thuộc Trung ương và tỉnh Hậu Giang. Sở Tài chính tỉnh Cần Thơ cũng được chia tách thành Sở Tài chính thành phố Cần Thơ và Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang.